一、行政決策
1.臨時大總統在決策中的地位。
臨時政府的最高行政決策機關是由臨時大總統與各部總長組成的國務會議。臨時大總統作為國務會議主席，在決策中起著決定性的作用。無論是總統還是總長提出的決策都必須在國務會議上討論，然后由臨時大總統交參議院議決通過后，再由臨時大總統蓋印后交有關部門執行。
2.臨時參議院對行政決策的影響。
臨時參議院是南京臨時政府的最高立法機關，不是行政機關，但是由于實行總統制，臨時參議院與臨時大總統的行政決策有著密切關系。臨時大總統對于參議院議決事件，如認為不當，得于呈報后10日內說明理由交參議院復議。參議院復議時，如有2/3以上參議員仍持前議時，應按前議辦理。由此可知，臨時參議院實際上是參與行政決策的。
3.參謀本部在中央決策中的作用。
南京臨時政府的軍事機關是大元帥大本營和參謀本部。參謀本部實際上掌握著軍事決策權和部分行政決策權。
二、行政執行
1.嚴格辦事規程，保證決策的貫徹執行。
2.改革文書制度，提高行政效率。
3.行政執行中的種種阻力。
三、行政監督
南京臨時政府與傳統封建王朝相比，在行政監督方面最大的區別是創建了議會監督制。1912年3月11日頒布的《中華民國臨時約法》和隨后頒布的《參議院法》，進一步擴大了參議院的行政監督權。
